一、职能部门
1.党委、校长办公室
2.组织部 统战部 机关党委
3.宣传部 文明办 新闻中心
4.纪检监察室 巡察工作办公室
5.发展规划处
6.人事处 退休教工管理处
7.学工部 学生处（招生就业办公室） 人民武装部
8.研究生院 研工部 学科建设处
9.教务处
10.科技处
11.人文社科处
12.社会合作处 校友联络办公室
13.外事处 港澳台办公室 汉语国际推广办公室
14.实验室管理处
15.计划财务处（采购管理办公室）
16.审计处
17.保卫处
18.校园建设处
19.公共事务管理处（采购中心）
20.工会
21.团委
二、二级学院
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叁、科研教辅单位
1.图书馆
2.信息技术中心
3.学报编辑部
4.后勤服务中心
5.档案馆
6.教育评估中心
7.教师教学发展中心
8.马克思主义讲习所
9.跨文化研究中心
10.两山理念研究院
11.量子物理研究中心
四、附属单位
1.附属第一医院
2.附属中心医院
3.湖州师范学院附属初级中学
4.湖州师范学院附属小学
5.资产经营有限公司
6.何晓霞刺绣学院
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